Blick von der Hafenmole

Das Gebiet der Ostspitze Madeiras wurde als Lehen Vasco Moniz übergeben. Die erste dort entstandene Siedlung war der Ursprung des heutigen Ortes. Mit der Nennung in Moniz´ Testament wird der Ort am 5. September 1489 erstmals erwähnt. Bedingt durch die schwierigen Verbindungswege nach Machico wurde hier 1527 mit der Capelinha do Caniçal eine erste Kapelle eingeweiht. Seit 1561 ist Caniçal eine eigene Gemeinde. Ihren Sitz bezog diese in der neuerrichteten Kirche Capela de São Sebastião, die 1594 von Korsaren geplündert wurde, und nach ihrer Restauration dem Erdbeben von 1748 zum Opfer fiel. Im 16. und 17. Jahrhundert wurden weitere Kapellen errichtet. Ab dem 18. Jahrhundert verlagerte sich die Besiedlung nach Westen, wo 1749 die heutige Kirche errichtet wurde. Die anhaltenden Piratenangriffe veranlassten den Marquês de Pombal, in der Nähe einen Hafen mit Militäranlagen zu errichten.